기획재정부 재산세제과-1420, 2024.12.11.에 대해서 문의 장기임대주택이 자동말소된 후 양도하고 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택만을 보유한 경우에도 5년의 처분기한 제한이 적용되는지 여부 기획재정부 재산세제과-1420 생산일자 : 2024.12.11. [요지] 장기임대주택이 자동말소된 후 양도하고 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택만을 보유한 경우에는 5년의 처분기한 제한이 적용되지 않음(소득세법 시행령 제155조제23항이 적용되지 않음) [회신] < 기획재정부 재산세제과-1420, 2024.12.11.> 법률 제17482호로 일부 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 폐지된 유형의 민간임대주택이 같은 법 제6조제5항에 따라 등록 말소된 후 양도함으로써 거주자가 「소득세법 시행령」제155조제20항에 따른 거주주택과 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택을 보유한 상태에서, 거주자가 해당 거주주택을 양도하는 경우 「소득세법 시행령」제155조제23항은 적용되지 않는 것입니다. 위 ‘기획재정부 재산세제과-1420, 2024.12.11.’를 근거로 문의합니다. 일반적으로 거주주택 비과세 적용시 주택임대사업에 등록되어 있는 상태 또는 말소된 상태에서 2년이상 거주한 주택에 대해서 거주주택 비과세가 적용된다는 것을 알고 있습니다. 문의하고자 하는 것은 말소 이후에 5년 안에 거주주택을 매매시 비과세인데 말소기준이 최초 말소된 임대주택 기준인데 ‘기획재정부 재산세제과-1420, 2024.12.11.’에서는 최초 말소된 임대주택을 거주주택 비과세 받기 전 먼저 매매를 통해서 소유권을 이전시 이를 적용하지 않는다고 해석된 것으로 판단됩니다. 이렇게 해석하여도 되는지요? 국세청 (국세청 국세상담센터 인터넷.방문상담3팀) 귀하께서 국민신문고를 통해 신청하신 민원(1AA-2502-0391733)은 국세상담센터에 지정되어 답변드리게 되었음을 안내드리며 양도소득세 관련 귀 민원에 대한 검토를 다음과 같이 알려드립니다. 귀하의 민원은 거주주택 비과세 특례(폐지된 유형으로서 등록 말소된 장기임대주택을 먼저 양도한 경우 거주주택에 대한 처분기한 제한등 포함)에 대한 문의로 확인됩니다. 소득세법 상 1세대 1주택 비과세 여부는 양도일 현재 1세대가 보유한 주택 수 및 보유현황에 따라 판정하는 것으로 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인(취득 당시 조정대상지역 내 주택인 경우 보유기간 중 2년 이상 거주요건 추가) 경우 1세대1주택 비과세가 적용되는 것입니다. (단, 양도가액 12억원 초과부분은 과세대상임) 이때 주택 수에는 미등기주택, 무허가주택, 소형주택, 농어촌주택, 주거용오피스텔, 장기임대주택, 조합원입주권, 2021.1.1. 이후 취득한 주택 분양권등을 모두 포함하는 것으로 비과세 보유기간은 당초 취득일부터 양도일까지를 적용하는 것이고 거주기간은 그 보유기간 중 실제 세대전원이 거주한 기간을 합산하여 적용되는 것입니다. (2022.5.10. 이후 양도분부터는 보유기간 재기산제도 폐지됨) 다만, 소득세법시행령 제155조 제20항에 의거 양도일 현재 같은 영 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택과 1주택(일반주택)을 소유한 1세대가 일반주택을 양도하는 경우 일반주택에 대한 보유기간이 2년 이상이고 그 보유기간 중 세대전원 거주기간이 2년 이상 경우에는 국내에 1주택을 소유하고 있는 것으로 보아 보아 생애 1회에 한하여 1세대 1주택 비과세가 적용되는 것입니다. (단, 양도가액 12억원 초과부분은 과세대상임) 여기서 “장기임대주택(매입임대주택)”은 아래 요건을 모두 갖춘 경우에 한하며 다만, 종전의 단기민간임대주택을 2020.7.11. 이후 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택 및 2020.7.11. 이후 임대사업자등록을 한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 적용 제외됩니다. ① 소득세법 제168조에 의한 사업자등록(세무서)과 민간임대주택에관한특별법에 따른 임대사업자(지자체) 등록하고 임대하는 주택일 것 ② 해당 주택의 임대개시일 당시 주택의 공시가격이 6억원[수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것 ③ 단기민간임대주택의 경우 5년 이상 임대하는 것일 것[민간임대주택에관한특별법 상 임대의무기간(4년) 종료로 임대등록이 자동말소되는 경우 임대의무기간 5년 요건을 갖춘 것으로 봄] * 장기일반민간임대주택의 경우 10년(2020.8.18. 전 등록분 8년) 이상 임대 ④ 1호 이상의 주택을 임대할 것 ⑤ 2019.2.12. 이후 주택 임대차계약을 체결하거나 기존 계약을 갱신하는 분부터 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것 ※ 임대기간의 계산 시 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 봄 다만, 소득세법시행령 제155조 제23항에 따라 사례의 임대주택이 폐지된 임대유형인 단기민간임대주택 또는 아파트 장기일반민간임대주택 중 하나로「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대의무기간 종료로 동법 제6조제5항에 따라 자동말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말함) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 1세대 1주택 비과세가 적용되는 것입니다. (단, 양도가액 12억원 초과부분은 과세대상임) 상기 특례를 적용함에 있어 당초 폐지된 임대유형인 장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우로서 임대등록 말소된 일부 장기임대주택을 양도하고 양도일 현재 거주주택과 폐지된 임대유형으로 등록이 말소된 장기임대주택 1호 이상을 보유하고 있는 경우라면 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택(거주주택 양도일 현재 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 보유 여부 불문)의 등록 말소 이후 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여「소득세법 시행령」제155조제23항이 적용되는 것이나, 폐지된 임대유형으로 등록이 말소된 장기임대주택을 모두 양도하고 양도일 현재 거주주택과 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택을 보유한 경우에는「소득세법 시행령」제155조제23항은 적용되지 않는 것으로 거주주택에 대한 처분기한(등록말소일부터 5년)의 제한은 없는 것으로 판단됩니다. 아래 법령 및 해석사례를 참고하시기 바랍니다. ▣ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】 ①법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 사용하거나 공부상의 용도를 주택으로 변경하는 경우 그 보유기간은 해당 자산을 사실상 주거용으로 사용한 날(사실상 주거용으로 사용한 날이 분명하지 않은 경우에는 그 자산의 공부상 용도를 주택으로 변경한 날)부터 양도한 날까지로 한다. ⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다. ▣ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】 ? 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다. 3. 장기어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 고유번호를 부여받고, 장기어린이집을 운영하고 있을 것. 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다) 2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우 ▣ 소득세법시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ①법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다. 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. 마. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로 10년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 주택은 제외한다. 1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로 취득한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다] 2) 2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 3) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 한 같은 법 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 같은 법 제5조제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택 ▣ 서면-2021-부동산-5744 [부동산납세과-3689], 2022.12.06. [제목] 최초 자동말소된 임대주택을 처분 후 거주주택을 양도 시 등록 말소 이후 5년 이내에 양도해야 하는지 여부 [요지] 2호 이상의 장기임대주택을 보유한 1세대가 장기임대주택 중 1호가 자동말소된 후 거주주택을 양도하는 경우에는 자동말소된 임대주택을 처분한 후 양도하는 경우에도 최초로 자동말소된 이후 5년 이내에 양도해야 비과세 특례를 적용받을 수 있음 [회신] 귀 질의의 경우, 기존해석사례 “기획재정부 재산세제과-1308, 2022.10.18.”를 참고하시기 바랍니다. ○ 기획재정부 재산세제과-1308, 2022.10.18. 장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택(거주주택 양도일 현재 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 보유 여부를 불문한다)의 등록 말소 이후 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 「소득세법 시행령」제155조제23항이 적용되는 것입니다. ▣ 기획재정부 재산세제과-1308, 2022.10.18. [제목] 임대등록이 자동 말소된 후 취득한 주택에 대하여 거주주택 비과세 특례 적용 여부 등 [요지] 장기임대주택A가 민간임대주택법에 따라 임대의무기간이 종료되어 등록이 말소된 이후 새로 취득한 주택B에 2년 이상 거주하고 주택A의 해당 등록이 말소된 이후 5년 이내에 양도하는 경우, 주택B를 소득령§155?⑴의 거주주택으로 보아 비과세 특례 적용할 수 있는지 여부 [회신] 1. 장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조제23항 각 호에 해당하여 등록이 말소된 후 취득한 주택을 양도하는 경우 같은 조 제20항이 적용되지 않는 것입니다. 2. 장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택(거주주택 양도일 현재 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 보유 여부를 불문한다)의 등록 말소 이후 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 「소득세법 시행령」제155조제23항이 적용되는 것입니다. ▣ 기획재정부 재산세제과-1420, 2024.12.11. [제목] 장기임대주택이 자동말소된 후 양도하고 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택만을 보유한 경우에도 5년의 처분기한 제한이 적용되는지 여부 [요지] 장기임대주택이 자동말소된 후 양도하고 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택만을 보유한 경우에는 5년의 처분기한 제한이 적용되지 않음(소득세법 시행령 제155조제23항이 적용되지 않음) [회신] < 기획재정부 재산세제과-1420, 2024.12.11.> 법률 제17482호로 일부 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 폐지된 유형의 민간임대주택이 같은 법 제6조제5항에 따라 등록 말소된 후 양도함으로써 거주자가 「소득세법 시행령」제155조제20항에 따른 거주주택과 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택을 보유한 상태에서, 거주자가 해당 거주주택을 양도하는 경우 「소득세법 시행령」제155조제23항은 적용되지 않는 것입니다.
| 
